病毒感染：病毒感染是诱发儿童与青少年睾丸萎缩的常见病因，尤其是流行性腮腺炎病毒入侵到睾丸后，睾丸内的生精组织会受到破坏，睾丸体积缩小质地变软。
内分泌疾病：睾丸是一个内分泌器官主要产生雄激素，而身体中许多指挥内分泌的器官，如脑垂体、肾上腺、丘脑下部等出现疾病，都会干扰睾丸的功能引起睾丸萎缩。
损伤或撞击：阴囊或睾丸部位发生过撞击性伤害，造成阴囊血肿或睾丸裂伤等，即使创伤愈合，睾丸也会长期处于供血不足状态，发生萎缩。
放射性物质影响：凡是较长时间接触放射性物质者，例如长期接触X线、同位素等职业人员，如未做良好保护措施都会引起睾丸萎缩。
重度睾丸炎：发病时睾丸肿胀疼痛，可以持续多日。由于细菌侵犯而造成睾丸组织被破坏，导致睾丸组织发生萎缩。
药物影响：长期服用某些副作用较大的药物，或者反复使用对抗雄激素的雌激素类药物都会引起睾丸萎缩。