臭豆腐在制作过程中，一般是现将一大块豆腐煮熟后切成若干个小块，再一层一层的放入缸、盆等容器中，然后将容器密封起来发酵。在这个过程中的最后环节，封口的时候，有一种毒菌，肉毒梭菌也会浸入容器中。
肉毒梭菌是一种厌氧菌，密封肛正好为它提供了生存繁殖的环境，肉毒梭菌一旦浸入人体，就会引起人体中毒，比如出现上吐下泻。
为避免肉毒梭菌的生存繁殖，可以将密封的塑料薄膜换成纱布或者荷叶。另外，吃臭豆腐之前先高压锅蒸半小时。