报关单不能重复申报。如果其中一份报关单报了2遍，那就把其中的一份报关单删除，然后把没有申报的报关单向海关申报。分3种情况，第一种如果报关单海关已受理未放行，那就让报关行写份情况说明加上其它需要的资料找海关删单就可以了，一般半个到1个工作日就可以。
第二种情况海关已放行，货物未上船。那就先向船公司申请退关，取消码头放行，然后向海关统计科申请退关删除报关单，需要1-3个工作日左右。
第三种情况，海关已放行，货物已上船，这种情况就需要向海关统计科申请删单，需要海关物流科给统计科发送删单的联系单，时间会比较久一些，具体日期每个海关都不一样。
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报关单证保存方法：
建立符合海关要求的进出口单证管理制度，确保归档信息的及时性、完整性、准确性与安全性。
建立以下书面文件并有效落实：
企业进出口单证管理制度的书面文件，应有关于进出口单证归档时限、归档要求、归档流程、归档复核等内容，以实现对进出口单证归档信息及时性、完整性、准确性和安全性的要求。
2．单证保管情况：
企业关于进出口单证归档的管理规定，进出口单证归档负责部门（岗位），归档工作流程，对进出口单证归档要求，归档时限，负责归档文件保存、管理的部门。