退火温度怎么确定

更新时间:2023-04-17 15:30

退火温度确定的计算公式是:4×(G+C)+2×(A+T)-(5~8)。退火温度(AnnealingTemperature)是指引物和模板结合时候的温度参数,当50%的引物和互补序列表现为双链DNA分子时的温度。它是影响PCR特异性的较重要因素。

在理想状态下,退火温度足够低,以保证引物同目的序列有效退火,同时还要足够高,以减少非特异性结合。合理的退火温度从55℃到70℃。退火温度一般设定比引物的Tm低5℃。

退火温度怎么确定

计算退火温度的方法:

1、退火温度=4×(G+C)+2×(A+T)-(5~8)只是粗算,有时不灵,但比较简便。

2、用primer5(oroligo6)计算,引物配对好后,primer5可以显示Tm,我认为这个值就是退火温度,我的经验再加2or3度最好。

3、合成引物的单子上也有个Tm,减去5~8也可,但有些公司提供的Tm就是方法1计算的。我认为方法二最准确,不知道还有其他方法吗

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