可使用各种氧化剂，如：高锰酸钾、漂白粉等，甲醛、碘酒进行杀灭病毒。

引起手足口病的肠道病毒，对某些药物具有抗性，一般来说我们常用的75％酒精，5％来苏对肠道病毒没有消灭作用，另外普通消毒剂乙醇、乙醚，甲酚皂液等对手足口病也都通通无效。

另外手足口病却对紫外线及干燥敏感，可使用各种氧化剂(高锰酸钾、漂白粉等)、甲醛、碘酒、0.1mol/L盐酸及0.3%甲醛进行灭活，并且病毒在60℃左右即可被迅速灭活。