一、科属不同

赤眼鲮，也称红眼鱼，是鲤科赤眼鳟属动物。土鲮鱼，别称鲮公，是鲤科鲮属动物。

二、产地不同

赤眼鲮是江河中层鱼类，生活适应性强。善跳跃，易惊而致鳞片脱落受伤。杂食性鱼类，藻类、有机碎屑、水草等均可摄食，喜食人工配合饲料。其在中国除西北、西南外，南北各江河湖泊中均有分布。

土鲮鱼为江河中生活的中下层鱼类，是暖水性鱼类，栖息于水温较高的水体内，对低温的耐力很差，水温不能低于7℃，冬季在河水深处越冬。主要产地在中国珠三角、海南等地区。