注册工程师直签与代签的区别在于，注册工程师直签指的是通过专业技术考核取得专业技术资格并注册登记，与用人单位直接签订聘任合同获得专业技术职称的人员，而代签则指的是代替别人签字，比如，医院医生给患者做手术，由于情况紧急，患者家属无法到场，由其他亲属代替家属签字。