CT对多种疾病的定性诊断具有优势，CT检查，目前主要应用于对头部中枢神经系统、机体内软组织损伤以及各种肿瘤占位性病变诊断。
MRI又称为核磁共振成像，完全没有放射性伤害，较CT更为敏感，具有多方向切层、多参数成像的特点，是发现脑内部结构病变的首选方法，对检测各种神经系统相关病变，如脑内血肿、脑外血肿、脑肿瘤、颅内动脉瘤、动静脉血管畸形、脑缺血、椎管内肿瘤、脊髓空洞症和脊髓积水等颅内常见疾病非常有效。

1、判断是否有其他细菌感染

血常规上会显示白细胞的的数值和分类变化，通过看白细胞的是否增加来进行判断，是否有病毒感染和细菌感染，若白细胞正常或减少属于病毒感染，而白细胞增多是细菌感染，不过这也只是初步的判断。

2、判断是否需要抗病毒治疗

由于手足口病是一种肠道病菌感染性疾病，一般在治疗前，应根据化验单的情况，来判断患者是否需要进行抗病毒治疗，如外周血白细胞总数<2.5*10的9次方/L、血小板<5*10的9次方/L时，不要选用或停用干扰素，可选用核苷（酸)类似物进行抗病毒药物。