黑木耳杂菌的主要防治方法是注意耳场及周围环境，烧除枯枝、落叶及腐木，减少污染源，还需尽量早点种，加强管理，促使黑木耳菌丝早定植，生长快，尽早发满耳木能有效减少杂菌侵染。

其次是低海拔地区气温高，夏季耳木要严防曝晒，以花花太阳的林荫地为宜，这样可大大减少裂褶菌、韧革菌、朱红栓菌等的发生。

当耳木有杂菌浸染时，要尽量早刮除后涂以鲜石灰浆或涂刷漂白粉消毒。危害严重的耳木尽早清除烧掉。

检查菌种是否污染，主要是用以下几个方法。

一是看。

看菌种的颜色。正常菌丝都是白色的。如果发现了其他的颜色，那就是被污染了。

二是闻。

打开菌种袋子闻一下。正常菌种是清香的食用菌味道。如果有其他异味或者看到了难闻的水。那就是被污染了。