沙眼到了晚期，病变组织开始结瘢，可与上述活动病变同时存在，但趋向逐渐痊愈，此期仍有传染性，但较活动期小。结瘢后出现的并发症与合并症有：(1) 结瘢后，由于瘢痕组织的收缩，可以造成严重的眼睑内翻和倒睫，内倒的睫毛像小刷子一样经常摩擦角膜，患者可以有明显的异物感，甚至会扎伤角膜影响视力。(2) 因沙眼衣原体侵犯角膜，可有大量新生血管伸入角膜组织内，再加上倒睫或睑内翻的刺激，可引起角膜溃疡，如再遭受其他细菌等的继发感染，溃疡会迅速扩大，甚至引起穿孔，严重影响视力。(3) 结膜部全结瘢后，使分泌泪液的副泪腺遭受破坏，泪腺的排泄管开口闭锁，使眼球表面不能被泪液湿润而发生眼球干燥，甚至会引起角膜混浊影响视力。(4) 沙眼还可以引起泪囊炎，使大眼角经常流脓，威胁着眼球的安全。