1、主办单位不同。综合课题课题的主办单位是全国教育科学规划领导小组，教改课题的主办单位是教育厅或者高校教务处。

2、研究方向不同。综合课题课题主要是五年规划课题，以我国教育改革发展和现代化建设的重大理论与实践问题为主攻方向。教改课题以教育改革为主要内容，一般有综合教改课题和整体教改课题两种。

3、申报方法不同。综合课题课题申报具有副高级以上专业技术职称，以往承担的全国教育科学规划课题必须按规定结题，未结题者不能申报。各省也有教育规划课题。教改课题一般都是通过学校教务处来申报，学校来评审。