区别如下：

第一，名称不一样，分别是案卷目录和卷内目录

第二，概念不一样，案卷目录是指装订完后，所有的档案卷宗的目录，它的范围很大，卷内目录是指每一卷档案内部的目录。

案卷目录和卷内目录的区别

案卷目录，可以俗称为档案目录或卷册清单，可能大家就都能理解了，就是档案案卷的登记表，有案卷相关著录信息的台账或移交清单，这是以案卷卷册为基数的目录。

卷内目录，是揭示本卷案卷内文件内容及顺序的登记表，就如同书籍的目录一样，所以，卷内目录通常装订在案卷封面之后，内容之前，就是卷内文件的索引

案卷所指的是行政主体的行政行为所依据的证据、记录和法律文书等，根据一定的顺序组成的书面材料。

案卷是行政行为作出过程和支持行政行为合法性的重要依据。