主要区别是，性质不同、科目分类不同、形态特征不同、分布区域不同，具体如下：

一、性质不同

1、本虫

本虫指水蚤，是一种小型的甲壳动物。称鱼虫。

2、赤虫

赤虫指孑孓，蚊子的幼虫，是蚊子由卵成长至蛹的中间阶段。据史料记载《尔雅·释鱼》“蜎，环”晋郭璞注：“井中小蛣蟩赤虫，名孑孓。”

二、科目分类不同

1、本虫

属于节肢动物门、甲壳纲、枝角目。

2、赤虫

属于节肢动物门、昆虫纲、双翅目。

三、形态特征不同

1、本虫

体小，呈卵圆形，左右侧…