科檀的功效主要有清热燥湿、祛寒暖胃、舒筋活络，具有清热解毒的作用。

1、清热燥湿：科檀可以清热燥湿、止痛，缓解风湿性关节炎;主治跌打损伤，骨折疼痛;神经衰弱，心悸怔忡。对于体虚型风热所致的口舌生疮和咽炎，也可以用科檀泡水饮用;还可以用来治疗慢性咳嗽、便秘等症状，还有辅助疗效，可用于湿疹，疮疡肿痛;

2、祛寒暖胃：科檀能刺激肠胃蠕动和消化液分泌，使食物在胃肠道内迅速凝结形成黏稠且松软的食物糊状物，促进胃肠动力。在体内生成一种物质——胃氨酶、淀粉蛋白及淀粉酶等酶的作用下，具有收缩肠道的作用;同时对因食道癌和食管癌的病人有明显的疗效。