秘密列车分尸案的结局是，犯罪嫌疑人艾迪·特伦斯被控告犯有恐吓和谋杀罪，最终被判处终身监禁。案件的证据包括：当地警方发现在特伦斯家中的枪支和一张支票，证明他曾经购买了一把枪他被发现在列车上以及他在列车上试图逃跑时留下的脚印和指纹。

在接受审判时，特伦斯否认犯有谋杀罪，但最终被证明有罪，并被判处无期徒刑。