如果腓骨颈部或远端发生骨折，错过了最佳治疗时间并采取了不正确的治疗措施，后遗症可能会存在。腓骨颈骨折后，腓总神经损伤容易发生。如果忽视腓总神经损伤，会导致足背下垂，足背和腿外侧皮肤感觉减退，肌肉力量功能减退。如果腓骨远端发生骨折，治疗不当将导致踝关节不稳定、负重时踝关节疼痛和功能障碍。

对于腓骨远端骨折患者，如果积极治疗，在临床上大多不会留下后遗症，但如果治疗不当，会留下一系列后遗症。例如，常见的腓骨骨折是错位的，如果不积极复位，就会形成畸形愈合和创伤性关节炎、行走疼痛和加速关节退行性变。另一种是骨折后期由于长时间不活动导致关节僵硬。当患者以后可以运动时，由于害怕疼痛和运动不足，关节活动会很差，从而影响患者的正常功能，这是常见的后遗症。